本报告描述和评估蛋白质组学技术，这些技术将在后基因组时代 - 21世纪的第一个十年 - 在药物发现，分子诊断和医学实践中发挥重要作用。
最常用的技术是用于蛋白质分离的2D凝胶电泳和通过质谱法分析蛋白质。使用多维液相色谱/质谱进行微量分析蛋白质表征可提高肽谱分析的通量和可靠性。基质辅助激光解吸质谱(MALDI-MS)已成为一种广泛用于测定生物分子(包括肽，蛋白质)的方法。
功能蛋白质组学技术包括用于研究蛋白质 - 蛋白质相互作用的酵母双杂交系统。在工业环境中建立蛋白质组学平台最初需要实施一系列机器人系统，以允许高通量方法分析和鉴定在2D电泳凝胶上观察到的差异。
蛋白质芯片也被证明是有用的。蛋白质组学技术现已被整合到药物发现过程中，与基因组方法互补。毒理蛋白质组学，即用于理解毒性事件的蛋白质表达的评估，是蛋白质组学在临床前药物安全性中的重要应用。使用生物信息学对于分析基因组学和蛋白质组学产生的大量数据至关重要。
蛋白质组学提供了对人类疾病病理机制的更好理解。通过蛋白质组学方法分析健康和患病组织中不同水平的基因表达与在基因组水平上检测突变和多态性一样重要，并且在设计合理疗法中可能更有价值。身体组织和体液，健康以及疾病中的蛋白质分布/表征是使用蛋白质组学技术进行分子诊断的基础。
蛋白质组学将在未来的医学中发挥重要作用，这将是个性化的，并将诊断与治疗结合起来。重要的应用领域包括癌症(肿瘤蛋白质组学)和神经疾病(神经蛋白质组学)。本文补充了44个表格，29个数字和500多篇文献中的参考文献。
在过去几年中，参与蛋白质组学的公司数量显着增加。已有超过300家公司被确定参与蛋白质组学研究，其中223项已在报告中进行了介绍，共有442项合作。
蛋白质组学技术的市场难以估计，因为它们并不明显，但与基因组学，基因表达，高通量筛选，药物发现和分子诊断方法重叠。蛋白质组学技术的市场在2018年进行了分析，预计到2023年和2028年。最大的扩展将是生物信息学和蛋白质生物芯片技术。重要的应用领域是癌症和神经系统疾病。